Please enable JavaScript.
Coggle requires JavaScript to display documents.
BLAST (BASIC LOCAL ALIGNMENT SEARCH TOOL) - Coggle Diagram
BLAST (BASIC LOCAL ALIGNMENT SEARCH TOOL)
ENTRADA: QUERY / SALIDA: SUBJECT
ETAPAS ALGORITMO
Listado de "palabras" con puntuación mayor a umbral (T) según matriz de sustitución
aa: 3 / nt: 11
Escaneo de palabras en BBDD / Unir parejas de palabras cercanas (HSP: high scoring pair)
Extensión de HSP hasta umbral con puntuación definido
ESTADISTICO DE VERACIDAD
EXPECTED VALUE (E)
Nº de alineamientos al azar con esa puntuación
menor a 0,001: resultado de buena calidad
depende de tamaño de BD y de longitud de secuencia query (mayor E)
FAMILIAS
BLASTN
nucleotidos
BLASTP
proteinas
BLASTX
nt query a proteina
6 posibilidades (2 sentidos / 3 marcos lectura)
el ADN se corresponde con alguna proteina?
tBLASTn
subject de nucleótidos a proteinas
aparece una proteina en otras especies?
tBLASTx
query y subject traducidos a proteinas
para detección de nuevos genes codificantes
alto coste computacional / tiempo
reducir resultados
usar BD refseq (evitar redundancias)
limitar organismos
limitar porción secuencia
ajuste parámetros (matriz, E,etc...)
incrementar resultados
aumentar umbral de E
cambiar a matrices PAM mayores o BLOSUM menores
añadir BBDD