Ada beberapa alasan masyarakat di Papua tak pernah melupakan sosok Gus Dur. Misalnya, pada 31 Desember 1999, tanpa perlu berpikir panjang, Gus Dur yang saat itu sebagai Presiden Indonesia, mengganti nama Irian Jaya menjadi Papua.Kemudian selama hidupnya, Gus Dur beberapa kali mengunjungi Papua, yakni pada 1999, selanjutnya pada 2000 dan terakhir pada 2006.Pada kunjungannya di tahun 2000, Gus Dur sempat mengunjungi para anggota PDP di tahanan yang saat itu ditahan atas tuduhan makar. Beliau minta ke Kepala Kepolisian Daerah Papua yang waktu itu dijabat Pak Wenas.