Salah satu kebijakan awal Soeharto yang berdampak panjang, termasuk menyangkut nasib rakyat Papua, adalah kontrak karya kepada Freeport. Dikutip dari Papua Road Map: Negotiating the Past, Improving the Present, and Securing the Future (2009) yang disusun Muridan Satrio Widjojo, Soeharto meneken kontrak karya pada 7 April 1967. Untuk mengamankan investasi itu, Soeharto harus menjamin Papua tetap menjadi bagian Indonesia. Oleh karena itu, pemerintah RI harus mengamankan suara warga Papua dalam melalui Pepera. Sesuai klausul Perjanjian New York yang diawasi oleh PBB, Pepera mesti digelar pada 1969. Opsi Pepera cukup pelik: tetap ikut Indonesia atau merdeka.
