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MATRICES DE SUSTITUCIÓN/PUNTUACIÓN DE AMINOÁCIDOS - Coggle Diagram
MATRICES DE SUSTITUCIÓN/PUNTUACIÓN DE AMINOÁCIDOS
RAZÓN DE VEROSIMILITUD (ODDS)
Probabilidad de que un aa cambie a otro frente a que lo haga al azar
2 POSIBILIDADES
LOG ODDS > 1
CAMBIOS PREFERENTES
IMPROBABLE QUE OCURRA AL AZAR
LOG ODDS < 1
CAMBIOS NO FAVORECIDOS
IMPROBABLE --> PATOLOGÍA
BASADO EN EXPERIMENTACIÓN
SE HA CONSEGUIDO GRACIAS A
ALINEAMIENTO DE SECUENCIAS CONOCIDAS
PAM (point accepted mutation)
Mejores para alineamientos globales
log odds en base 10
se consigue con estudios evolutivos de un grupo de proteínas
M.Dayhoff
1572 cambios
NOMBRE DE LA MATRIZ
% mutaciones en las secuencias
las mas usadas
PAM1 (!% de cambios)
PAM250 (para secuencias divergentes)
PAM30 (para secuencias parecidas)
PAM n
multiplicación matricial de PAM1 n veces
BLOSUM (block substitution matrices)
Mejores para alineamientos locales
log odds en base 2
2000 "blocks" de 60 aa máximo sin gaps
NOMBRE DE LA MATRIZ
% de identidad de las secuencias de partida
las mas usadas
BLOSUM62 (usa en EBI por defecto)
BLOSOM45 (para secuencias divergentes)
BLOSOM90 (para secuencias parecidas)