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MATRICES DE SUSTITUCION/PUNTUACIÓN DE AMINOÁCIDOS - Coggle Diagram
MATRICES DE SUSTITUCION/PUNTUACIÓN DE AMINOÁCIDOS
basado en experimentación
alineando secuencias conocidas
razon de verosimilitud (odds)
probabilidad de que un aa cambie a otro frente a que lo haga al azar
log odds > 1
cambios preferentes
log odds <1
cambios no favorecidos
PAM (point accepted mutation)
mejores para alineamientos globales
log odds en base 10
estudios evolutivos de un grupo de proteinas
M. Dayhoff
1572 cambios
nombre matriz
% mutaciones en las secuencias
PAM1 (1% de cambios)
para secuencias divergentes
PAM250
para secuencias parecidas
PAM30
PAM n
mutiplicacion matricial de PAM1 n veces
BLOSUM (block substitution matrices)
mejores para alineamientos locales
log odds en base 2
2000 "blocks" de 60 aa máximo sin gaps
nombre matriz
% de identidad de las secuencias de partida
BLOSUM62 (usa en EBI por defecto)
para secuencias divergentes
BLOSUM45
para secuencias parecidas
BLOSUM90