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21091F88-2458-4C39-B092-2C0D122F1A4A - Coggle Diagram
Enzymatic catalysis酵素催化如何進行
不影響
平衡
自由能
降低decline過度狀態transition state的自由能障礙easier
藉此increase reaction rate(k)
該怎麼 lower 自由能
讓反應部分靠得更近
1.uncatalyzed bimolecular rxns (未催化的兩個反應分子)Entropically unfavorable需要跨越較高能量障礙, rate enhancement就是1
2.uncatalyzed unimolecular rxns要反應的部分變到一個分子內，但”不璀化”
3.有催化
身體中常見酵素，加快反應
Catalytic mechanisms結合時的化學反應
Covalent
鍵結形成
Nucleophile帶電子攻擊，有ex：serine/ser絲胺酸, thiolate硫醇鹽,amine, carboxylate
以chymotrypsin(胰蛋白酶)為例：見pdf ch.6 p21-29七步驟.
(圖太小故略過)主要大原則，會將substrate從肽鍵位置切除，chymotrypsin上nucleophile的氮帶有nucleophile先開始攻擊H，等到substrate醯胺基上羰基的O帶負電, 電子又馬上打回來
將受質substrate切斷後，將水放到切斷的位置，上方nucleophile再次攻擊
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Peptidoglycan肽聚糖 and lysozyme溶菌酶 p,31-35
兩種重要胺基酸
兩性？
Metal ion
氧還
Acid-base
Proton氫離子脫掉與否
含H的酸、水 可催化p.17
胺基酸 有的酸的鹼
考試會考這是“哪一種類型“？
生物催化劑better無機催化劑？
Greater reaction specificity(專一性)
避免 side products
反應條件溫和mild
pH7, 37度c符合人體工作溫度
雖酵素型態多樣，但會趨向最favorable的樣子
Selectivity選擇性
Binding but no reaction
No binding
React
What are enzymes?
Catalysts
Increase reaction rates without being used upd
大部分 globular proteins球狀
但是
some RNA (ribozymes and ribosomal
RNA) also catalyze reactions. 也可催化
最古老生化領域back 18世紀晚期，從古至今獨領生化風騷
