L'indice (IBE) impiega, come organismi indicatori di inquinamento, quelli appartenenti alla comunità dei macroinvertebrati di dimensioni superiori al millimetro (visibili a occhio nudo) e classificabili con l'ausilio di uno stereomicroscopio. Sono rappresentati da insetti (adulti e larve), crostacei, molluschi, irudinei (per esempio sanguisughe), oligocheti, platelminti.