多分子特征数据库

基因/mRNA

综合表达数据库:AOE,GEO,ArrayExpress
肿瘤表达数据库:TCGA,ICGC,TARGET,UCSC/XENA
肿瘤在线分析工具:Gepia2,cBioportal

蛋白质

miRNA

lncRNA

miRBase数据库:https://www.mirbase.org/
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多物种miRNA综合数据库:序列、检索、下载

TargetScan数据库:http://www.targetscan.org/
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miRNA靶基因预测

starBase v2数据库:https://starbase.sysu.edu.cn/starbase2/index.php
starBase v3/ENCORI数据库:https://starbase.sysu.edu.cn/index.php
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mRNA-RNA,miRNA-RNA,lncRNA-RNA,circRNA-RNA,蛋白质-RNA

NONCODE数据库:http://www.noncode.org/
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非编码RNA,主要是lncRNA
检索,比对,序列,ID转换,功能分类,疾病相关

LNCipedia数据库:https://lncipedia.org/
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lncRNA序列注释信息

LncBase v.2:https://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php
DIANA-LncBase v3:https://diana.e-ce.uth.gr/lncbasev3/home
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miRNA-lncRNA预测(计算和实验证据)

miRcode数据库:http://mircode.org/
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miRNA和lncRNA靶基因预测

LncTar数据库:http://www.cuilab.cn/lnctar
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lncRNA-mRNA预测

IntaRNA数据库:http://rna.informatik.uni-freiburg.de/IntaRNA/Input.jsp
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通过序列预测lncRNA-RNA相互作用

LncRRIsearch数据库:http://rtools.cbrc.jp/LncRRIsearch/index.cgi
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lncRNA-RNA,lncRNA-lncRNA

LongTarget数据库:http://lncrna.smu.edu.cn/
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lncRNA-DNA序列

lnCAR数据库:https://lncar.renlab.org/
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癌症lncRNA表达数据库

HPA人类蛋白质数据库:https://www.proteinatlas.org/
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蛋白质互作STRING数据库:https://string-db.org/
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circRNA

exoRBase2数据库:http://www.exorbase.org/exoRBaseV2/toIndex
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疾病相关circRNA及序列


circRNADisease数据库:http://cgga.org.cn:9091/circRNADisease/
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疾病circRNA

CSCD数据库:http://gb.whu.edu.cn/CSCD/
CSCD2数据库:http://gb.whu.edu.cn/CSCD2/
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肿瘤circRNA

MiOncoCirc数据库:https://mioncocirc.github.io/
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肿瘤circRNA

TSCD数据库:http://gb.whu.edu.cn/TSCD/
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组织特异性circRNA表达,circRNA-RBP或miRNA

circInteractome数据库:https://circinteractome.nia.nih.gov/
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circRNA序列,circRNA-RBP或miRNA

circBase数据库:http://circbase.org/
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circRNA序列/检索/下载

UniProt蛋白质序列和ID:https://www.uniprot.org/
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PDB蛋白质结构数据库:https://www.rcsb.org/
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