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ALGORITMOS HEURISTICOS PARA MSA - Coggle Diagram
ALGORITMOS HEURISTICOS PARA MSA
PROGRESIVO
CLUSTAL
Alineamiento por pares
programación dinámica
Creación de un árbol filogenético "guía"
con la matriz de distancias entre cada par
alineamiento PROGRESIVO del resto de secuencias
programación dinámica
siguiendo el orden marcado por el árbol
frente a secuencias "consenso" de los pares alineados
no adecuado si las secuencias tienen distinta longitud
influenciado por el orden de alineamiento de secuencias
propagación de errores si el par inicial es muy divergente
ITERATIVO
MUSCLE
Realización de realineamientos
Modificaciones en el árbol guía
Revisión de puntuaciones y mejora si procede
reducen los errores de los progresivos
deshacen la dependencia del par inicial
suelen introducir menos gaps
preciso y rápido
CONSISTENCIA
T-COFFEE
Generar biblioteca de alineamientos locales y globales de pares de secuencias
Extensión de la biblioteca
usar terceras secuencias para modificar puntuación de cada par
Alineamiento progresivo con programación dinámica
inadecuado para muchas secuencias
es la mejor opción
usa homologías locales y globales
"biblioteca" construida con alineamientos de distintas fuentes, información biológica, etc...