El 23 de febrero de 1859, en el marco de la Guerra Federal, se convirtió en Jefe de Operaciones de Occidente y sus triunfos en encuentros como El Palito (estado Carabobo), San Felipe (Yaracuy) y, especialmente, la batalla de Santa Inés en el estado Barinas, servirían de demostración de sus excepcionales cualidades como conductor de tropas.
Sin embargo, en el momento en el que más cerca aparecía la victoria federal y el fin de la guerra civil, ocurrió su asesinato el 10 de enero de 1860.