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MATRICES DE SUSTITUCIÓN/PUNTUACIÓN DE AMINOÁCIDOS - Coggle Diagram
MATRICES DE SUSTITUCIÓN/PUNTUACIÓN DE AMINOÁCIDOS
RAZON DE VEROSIMILITUD (odd)
log odd >1
cambios preferentes
log odd <1
cambios no favorecidos
probabilidad de que un aa cambie a otro frente a que lo haga al azar
basadas en experimentación
con alineamientos de secuencias conocidas
PAM (point accepted mutations)
M.Dayhoff
1572 cambios en grupo de proteinas con 85% de similitud
log odds en base 10
mejor para alineamientos globales
nombre matriz
% de mutaciones en las secuencias
PAM1 (1% de aa cambian)
para secuencias divergentes
PAM250
para secuencias parecidas
PAM30
PAM n
mutiplicacion matricial de PAM1 n veces
BLOSUM (block substitution matrices)
2000 blocks de 60 aa como máximo sin gaps
log odds en base 2
mejor para alineamientos locales
nombre matriz
% de identidad de secuencias de partida
BLOSUM62
usado por defecto en alineadores EBI
para secuencias divergentes
BLOSUM45
para secuencias parecidas
BLOSUM90