La fructosa 1,6-difosfato se divide en dos azúcares isoméricos, es decir, los dos tienen la misma fórmula molecular, pero diferentes arreglos de átomos, por lo que también tienen propiedades diferentes. Los dos azúcares son dihidroxiacetona fosfato (DHAP) y gliceraldehído 3-fosfato (GAP), escindidos por la actividad de la enzima aldolasa.