patogeni, quando sono causa di una patologia perché si trovano in un organo diverso da quello abituale, oppure perché sono in numero troppo elevato e non possono più essere commensali. L'Escherichia Coli è, ad esempio, un batterio che risiede fisiologicamente nell'intestino, ma quando migra dall'intestino in vescica può diventare patogeno, dando origine a disturbi come la cistite.