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4h54.1_template_overview (for VV2380 protein), :red_flag: pgaABCD operon,…
4h54.1_template_overview (for VV2380 protein)
Zinc-sensory DGC /
DgcZ
/ YdeH (舊稱)
:question: 雖然大多數DGC都擁有sensor domain，但是他們所接收的訊號 (input signal)仍未表明。
(enzymatic activity):check:
DGC功能
：含有
GGDEF
domain的蛋白質，將2分子的GTP去磷酸化成GMP，再環化合成c-di-GMP。相較之下，:check:
PDE的功能
：含有
EAL or HD-GYP
domain的蛋白質將c-di-GMP開環降解。// 這兩者皆為合成訊號相關的蛋白質(signaling protein)，合成的訊號是c-di-GMP
GGDEF、EAL、HD-GYP domain都與
accessory domain
有關，比如
GAF、PAS、HAMP
等等
。 :question:
Accessory Domains
在反轉錄轉位子多蛋白 (retrotransposon polyproteins) 中較多。
Escherichia coli
K-12 可轉譯出
29種蛋白質
均含有GGDEF和/或EAL domain。
關於生物膜形成，RNA binding protein
CsrA
控制
dgcZ、pgaABCD
operon 的表達。
dgcZ、pgaABCD operon
操控著多醣貼附素生合成蛋白(biosynthesis machinery)的基因，其中，蛋白質DgcZ控制著
多醣貼附素poly-GlcNAc
(poly-β-1,6-N-acetyl-glucosamine) 的轉譯後修飾。
結構
N-terminal CZB
(chemoreceptor zinc binding site) +
C-terminal GGDEF domain
Zn2+ 結合上CZB後會異位抑制DgcZ (allosterically inhibition)
:red_flag:
pgaABCD
operon
定義：:pencil2:
operon 操縱子，被活化(activate)可開啟下游基因的表現(expression)，通常具有負責控制蛋白質
。
operon的命名通常是下游蛋白的開頭小寫、斜體。比如
pgaABCD
，就是控制下游基因pgaABCD表現蛋白質(PgaABCD)的operon。
與
adhesin貼附素(多醣)
的合成有關
主角：
poly-β-1,6-N-acetyl-d-glucosamine
(別稱：β-1,6-GlcNAc;
PGA
；poly-GlcNAc；p-GlcNAc) 是一種貼附素，由醣類組成的多醣體，
:pencil2:
負責維持生物膜結構的穩定性
，
可以說是生物膜形成所必需的蛋白質。
:three:
PgaC
: Glycosyltransferase，參與PGA的生合成。
:four:
PgaD
: 參與PGA的生合成。
:one:
PgaA
: outer membrane protein外膜蛋白，雖然沒有參與PGA生合成作用，但是和PGA傳輸到細胞外有關，它含有
Porin 穿孔蛋白
，推測是
像激素(secretin)般
刺激PGA像細胞外移動。
:two:
PgaB
: outer membrane protein 外膜蛋白，無參與PGA生合成，但是過度表現PgaB可增加PGA的主要材料 --
glucosamine 葡萄糖胺
。也和PGA傳輸到細胞外有關，實驗發現沒有乙醯化者較不易穿過細胞外，且PgaB是隨機乙醯化葡萄糖胺以形成PGA。
細菌在形成生物膜前會先貼附在固體表面上，而貼附的初始條件(initial state)就是
PGA累積於(localization)由PgaA製造的細胞外孔洞上(Cell pole)
。
pgaABCD
基因在生合成、修飾、運輸 生物膜所需的多醣貼附素等作用中扮演的角色
:red_flag:
CsrA
轉譯活性調控物質 (translational regulator)
會與RNA結合
global regulation by CsrA