Guidato probabilmente dal ricordo dei suoi numerosi tentativi falliti di vincere il Prix de Rome, riuscì ad abolire L'Accademia, che fu più volte sostituita da altri organismi artistici. Nel 1794, dopo che Robespierre era stato mandato alla ghigliottina, David fu arrestato. Fu imprigionato due volte, per quattro mesi nel 1794 e per altri due l'anno successivo, apparentemente la maggior parte del tempo la passò nel Palazzo del Lussemburgo a Parigi. Durante il suo primo periodo in carcere, dipinse dalla sua finestra il suo unico paesaggio, la "Veduta dei Giardini del Lussemburgo". Ebbe l'amnistia nel 1795. Sin dall'inizio dell'ascesa al potere di Napoleone, David, senza acquisire alcuna carica politica, tornò ad essere pittore di governo, prima sotto il Consolato e poi, dopo il 1804, sotto l'Impero.Dopo la caduta di Napoleone nel 1815, David fu esiliato a Bruxelles e qui muore nel 1825.