O Instituto foi fundado em junho de 1924 e teve como primeiro diretor o historiador marxista, austríaco, Carl Grunberg, que impulsionou trabalhos de pesquisa sobre a história e a crítica da economia política. Mas foi com a direção do filósofo Max Horkherimer, a partir de 1931, que o Instituto assume o perfil e a perspectiva com que será reconhecido, voltado para as relações entre a vida econômica da sociedade, o desenvolvimento psíquico dos indivíduos e as modificações do ambiente cultural.
É nessa época que se aproxima do Instituto os nomes que irão marcar a chamada "primeira geração da Escola": Theodor Adornor, Herbert Marcuse, Erich Fromm. Mas, em 1933, Hitler é nomeado chanceler, nesse mesmo ano o Instituto é fechado, e seus membros iniciam uma grande diáspora.
Filiais do Instituto foram abertas em Genebra, Paris e Londres, mas os membros se deram conta de que a Europa como um todo não lhes oferecia segurança. Assim, Horkheimer via aos Estados Unidos em 1934, para averiguar a possibilidade de se instalarem em Nova York. Acolhidos pela Universidade de Columbia. em 1938, praticamente todos os membros do Instituto foram para os EUA.
Paralelamente ás dificuldades acadêmicas e de sobrevivência, o próprio cenário e rumos da vida americana- o New Deal e a realidade de desemprego reinante, a política do macartismo, a dinâmica industrial-consumista da democracia americana- estabelecem para os pensadores alemães um novo parâmetro para sua análise da vertente de dominação e alienação da sociedade capitalista avançada.
Esses intelectuais permaneceram nos EUA até 1950, quando o Instituto retorna a Frankfurt. Nesse momento, outros nomes começaram a compor uma "segunda geração da Escola". Entre os membros da primeira geração, apenas Adorno, retornando para Frankfurt no final de 1949, retoma suas atividades acadêmicas, assumindo a direção do Instituto em 1969.
À frente da direção do Instituto, Adorno viveu uma situação de enfrentamento com os estudantes de Frankfurt, que nessa onda de rebelião e transgressão, haviam se inspirado na perspectiva anti totalitária da Teoria Crítica. Adorno morreu em 1969, desgostoso e nostálgico da lucidez de um mundo que ele não chegou a conhecer.