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BASES DE DATOS BIOLÓGICAS - Coggle Diagram
BASES DE DATOS BIOLÓGICAS
OBJETIVO
Descubrimiento de conocimiento
HISTORIA
Margaret Dayhoff
1ª BD 65 proteinas (1965)
RETO
análisis / gestión / acceso
referencias cruzadas
anotación manual o automática
REGISTROS
CARACTERISTICAS
Heterogéneos
Complejos
Cuanti/Cualitativos
Dinámicos
revisados
Crudos / Procesados
Procedencia experimental o cumputacional
TIPOS
ESCALAR
punto isoeléctrico proteina
CADENAS DE CARACTERES
secuencias proteinas / nucléicas
ESPACIAL
coordenadas X,Y,Z proteina
TEMPORAL
nivel expresión génico
GRAFOS
árboles filogenéticos
ESTRUCTURA
RELACIONAL
Tablas / campos "clave"
DATOS PLANOS
ficheros texto
consultas ineficientes
ORIENTADA A OBJETOS
para datos más complejos
NÚMERO?
Revista NAR (1750)
PROBLEMA
Redundancia Intra/Inter BD
solución: INSDC (Japón/USA/EU)
ACCESO
Web o programático (Python, Perl,...)
identificación única
Números de Acceso
REQUISITOS
Accesibilidad
datos completos y actualizados
estandarizada
posibilidad de descarga
de calidad (revisión de datos)
CLASIFICACIÓN
PRIMARIAS
datos originales
SECUNDARIAS
derivan de las primarias
curadas
ESPECIALIZADAS
un campo/orgánulo concreto (cancer, etc...)