Proporcionó préstamos, voluntaria o forzosamente, a los contendientes, y vio como se reducían sus ingresos decimales tanto en su volumen como porque, de forma repetida, el Estado los retenía para fines militares. Este no fue el único problema que tuvo que afrontar el clero, cuya influencia sobre la opinión popular hizo que tanto los patriotas como los realistas quisieran manipularlo, no sólo por razones financieras sino también por razones políticas. La posición del papado en Hispanoamérica, al haberse mantenido fiel a su tradicional alianza con la corona española y al haber condenado a los revolucionarios hasta que la victoria de éstos fue segura, inevitablemente se debilitó. El clero peninsular, sobrerrepresentado en los altos niveles de la administración eclesiástica, también tendió a ser realista.