Nguyên nhân chủ yếu là do xác chết động vật lâu ngày bị phân hủy và ngấm vào lòng đất, chảy vào mạch nước ngầm, hay các thiên tai bão lũ khiến các nguồn nước bị ô nhiễm lẫn vào các dòng nước sạch làm ô nhiễm cục bộ nguồn nước.

Nước thải y tế từ các phòng thí nghiệm, phẫu thuật, các cơ sở rửa thực phẩm…. luôn mang theo các mầm bệnh, vi rút, khi chưa được xử lý mà thải ra môi trường sẽ khiến các vi rút lây lan nhanh ra môi trường và ảnh hưởng trực tiếp tới nguồn nước và sức khỏe con người.

Hầu như toàn bộ nước thải sinh hoạt hằng ngày vẫn chưa được xử lý và thải thẳng ra môi trường. Trong nguồn nước thải này còn chứa các chất gây ô nhiễm như: Na+, K+, PO43, CL-…..

từ các hoạt động chăn nuôi trồng trọt của các hộ dân. Thuốc trừ sâu diệt côn trùng của những người nông dân vướt bừa bãi ở sông rãnh nước, ao, hồ ,...

Nước thải của các công ty các khu xí nghiệp công nghiệp thải ra môi trường chưa được qua xử lí.