GERD terjadi akibat adanya ketidakseimbangan
antara faktor ofensif dan defensif dari sistem pertahanan esofagus dan bahan refluksat
lambung. Yang termasuk faktor defensif sistem pertahanan esofagus adalah LES, mekanisme
bersihan esofagus, dan epitel esofagus. Pada keadaan normal, tekanan LES akan menurun saat menelan sehingga terjadi aliran antegrade dari esofagus ke lambung. Pada GERD, fungsi LES terganggu dan menyebabkan terjadinya aliran retrograde dari lambung ke esofagus. Terganggunya fungsi LES pada GERD disebabkan oleh turunnya tekanan LES akibat penggunaan obat-obatan, makanan, faktor hormonal, atau kelainan struktural.