El citoplasma de los trofozoítos amebianos presenta dos áreas relativamente bien definidas: una porción externa hialina, transparente, sin gránulos, que recibe el nombre de ectoplasma, y una porción interna granular que contiene diversas inclusiones, algunas de ellas vacuolas fagocíticas, denominada endoplasma.
Es posible observar eritrocitos fagocitados y es característico de esta amiba, la cantidad de eritrocitos se relaciona con su grado de virulencia
