Komplikasi dari GERD terdiri atas komplikasi esofagus dan ekstra esofagus. Komplikasi di esofagus yang dapat ditemukan berupa perdarahan, striktur, perforasi, Barret’s esophagus (BE), dan kanker esofagus. Sedangkan, komplikasi di luar esofagus meliputi sakit tenggorokan, tonsilofaringitis, sinusitis, laringitis, karies dentis, pneumonia, dan asma bronkial.
