Den typiske plagen ved denne sykdommen er tilbakevendende magesmerter. Ofte er det også diaré, med eller uten blod. Andre symptomer kan være følelse av oppblåsthet, kvalme, brekninger, nedsatt matlyst og vekttap. Noen har sykdom hovedsaklig rundt og i endetarmsåpningen. Typisk er da betennelser, byller og sprekkdannelser. Hos 10.20 prosent finner man sykdomsforandringer også i andre organer, som for eksempel hud, øyne, ledd og lever. Barn med Crohns sykdom kan bli forsinket i sin vekst og utviking.