Etiologi adalah defek anatomis (himen imperforata, sindrom asherman), hipogonadisme primer (disgenesis gonad, agenesis gonad, defisiensi enzim, kegagalan ovarium prematur), gangguan hipotalamus (disfungsional, penyakit lainnya, tumor), gangguan hipofisis (tumor), gangguan kelenjar endokrin ( penyakit adrenal, penyakit tiroid, tumor ovarium, peradangan), gangguan berbagai multifaktorial ( sindrom polikistik ovarium)