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Topologie chromatinienne et environnement - Coggle Diagram
Topologie chromatinienne et environnement
Structure chromatine
ADN + histones + prot
Structure fournie une couche supplémentaire de rég° et peut conférer une fonction
ADN libre dans chromatine et pourtant non homogène → paramètres environnementaux
Différents niveaux hierarchiques
Territoire chromosomique : compartiment A (actif) et B
(+) de contacts entre compartiment A mais varié et moins stable
→ superdomaines
Présence TAD = domaine de topologie associée & CID = domaine d'interaction chromosomique & boucles
Fréq de contact montre que certaines interactions sont conservées au cours du dév et parmis les diff espèces
Interactome
: il n'existe que 5 types de chromatines dif définis par signature → hétéro-péricentromérique (verte), actives avec gènes domestiques ou inductifs (jaune et rouge), répressive (asso à complexe polycomb→bleue) ou compacte et repressive (50% → noire)
→ facilite spécificité des fct de liaison à l'ADN
Locus spé d'enzymes : cible mais aussi ancrage des enzymes → liées à mb nucléaire sur lamina mais qu'à certains endroits pour être à proximité
Les modifications chromatiniennes et leurs acteurs
Classe d'enzymes pour architecture chromatine : modif histone & Remodelage chromatine = change interaction entre ADN et histone par hydrolyse de l'ATP, influence trans° mais aussi réplication, séparation et recombinaison de l'AD?
Enzyme de remodelage
1) package genomic DNA & incorporation histone internucléosome
2) release DNA from the histones
Différentes familles
Structure chromatine dép de l'act enzymatique qui elle dépend de l'env
Arrangement "spontané" des nucléosomes
Organisé par histone H1
Oscillation permanente mais conditions très importantes donc influence + la structure
Les prot nucléaires définissent des domaines chromatiniens associés à la rég° de la trans°
Microenvironnement
Voie de signa et régulateurs chromatiniens
Nombreuses kinases : phospho histone et régulateurs
Voies MSK, AKT et PAK1
Signalisation TK et états chromatiniens des cancers
Voies PKC et Caseine Kinase 2 = CasK2
Microenv nutritionnel et signa métabolique :
Les principaux cofacteurs impliqués dans les modifs épigénétiques
AG ou Glc → AcétylcoA → acétyl° histone par HAT
Tryptophane et Vitamine B3 ↔ NAD+ → AcetylCoA mais aussi asso a SIRT → co-inhib° avec PARP
SAM : provient de la methionine, de l'apport en vit B et ac folique → asso à DNMT, KMT et PRMT (feedback neg avec SAM → SAH)
Alpha-keto-glutarate : carburant des enzymes TET → déméthylation ADN
Macroenvironnement et chromatine : dif modèles
Infection
A.phagocytophilum
: produit remodelage prot pour inhiber prot anti inflam → inhibe RI de cellule hôte
Schistosome : reloca nucléaire favorable à l'infestation du parasite
Modèle OND = Ischémie transitoire in vitro : abs nutriments et O2 → changement conform° chromatine transitoire rapide → adaptation moléculaire rapide de la réponse au stress
Vernalisation → capter froid pour ctrl fleuraison → locus FLC
Rég° horloge circadienne : accumulation la nuit qui active gènes represseurs pour réprimer (via acétyl°, méthyl° de la chromatine) trans° clock et Bmal1 la journée. Auto rég° donc quand accumulation → répression (soir)
Influence senescence : haut niv act° histone → oncogénique
Contaminants : tabac, pollution, pesticides
Stress et phénotype : choc thermique → change la couleur des yeux de droso