Ada banyak penyebab potensial dari amenore sekunder. Penyebab hormonal termasuk kehamilan, laktasi, disfungsi tiroid, hiperprolaktinemia, hiperandrogenisme (termasuk sindrom ovarium polikistik), hipogonadisme hipogonadotropik (disfungsi hipotalamus-hipofisis), dan supresi endometrium oleh kontrasepsi hormonal. Penyebab struktural termasuk kerusakan endometrium (sindrom Asherman) dan obstruksi saluran keluar (stenosis serviks).