A causa della scarsa igiene e di un'alimentazione scorretta, le malattie colpivano poveri e ricchi indifferentemente. Tra le più diffuse, le più gravi vi erano il vaiolo, la tubercolosi, il colera, la malaria, l'idropisia, il cancro, la gotta, la perdita dei denti e la peste, che si ripresentava periodicamente e che fece per 2 volte vere e proprie stragi:nel 1630 nel Nord Italia e nel 1656 nel regno di Napoli. Le cure della medicina ufficiale erano inefficaci, praticavano salassi cioè incisioni per far defluire il sangue, nella convinzione che il corpo si ammalasse per l'umidità. Fratture e infezioni si eliminavano drasticamente amputando braccia e gambe, che quelle oggi sono insignificanti, aveva spesso conseguenze mortali:il tetano e la cancrena. La più alta mortalità, tuttavia, si verificava tra le partorienti perché la scarsa igiene causava quell'infezione fatale si chiamava setticemia.