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種系發生史 - Coggle Diagram
種系發生史
分類學（taxonomy ）
二名制命名法
二名制
屬名
需大寫
種小名
拉丁文、斜體
林奈
命名和歸類生物
階層分類法
域界門綱目科屬種
分類群
任一階層的分類單位
種系發生樹
親緣關係樹
樹狀分支模型以和巢狀層級分類方式配合
分岔點
演化為兩支系的共同祖先
姐妹分類群
共享最近的共同祖先
根源出處
該圖中所有分類群的最近共同祖先
通常位於左側
基群
最早分支的支系
多元群
一個分叉點分出兩個以上子群
子群之間演化關係尚不明確
新證據顯示原分類錯誤
重新依照正確的親緣關係分類
出現亞類群（subgroup）
應根據演化的趨勢而非表型的相似度
無法看出實際演化時間
除非使用分支長度成正比的種系發生樹
和遺傳變化量成正比
和演化時間成正比
建構
支序學
根據共同祖先將生物放入演化支中
演化支
包含一個祖先和它的所有後代
分類群
單系演化
一個祖先和所有後代組成
並系群
一個祖先和一些後代
多系群
物種和其遠親物種
不包含最近共同祖先
共祖性狀
源自分類群祖先的形狀
共衍性狀
共有性狀但非其祖先所有
可作為演化的分支
依性狀的有無劃分內群和外群
種系發生樹為假說
極簡原則
探究最單純又符合事實的解釋
奧卡姆的剃刀
演化事件最少的版本作為最簡約的樹狀圖
最大可能性
依據DNA改變的可能性產生演化樹
種系發生概括法
驗證原樹
從同功性挑出同源性
型態同源和分子同源
分子同源的評估須考量長度不等的序列
而非趨同演化
基因水平移轉
基因在基因體之間轉移
轉位元件或質體交換
病毒感染
生物體融合（內共生）
即使是真核生命都有轉位子和核基因的移轉
或許生命樹應以生命網絡圖的方式呈現
導致部分真核生物（酵母菌）基因較接近細菌而非古箘
可應用於鑑定親緣關係和分析DNA序列
基因分析
基因演化速度有差異
粒線體DNA（mtDNA）較快
核糖體DNA（rRNA）較慢
基因家族
同族的基因群
直系基因
種化的產物
不同物種間的同族基因
旁系基因
在同一物種內多個類似副本
分歧的種系往往具有許多直系基因
基因重複而增加的基因比不上表型變得複雜的速率
基因多效性
分子時鐘
直系基因發生核苷酸取代的數量和分歧時間成正比
旁系基因發生核苷酸取代的數量和基因重複後所經的時間成正比
核苷酸、密碼子、胺基酸差異通常對演化時間成正比
時間加長可能偏離平均
在不同物種內演化速率可能不同
各基因演化速度差異大
中性突變佔所有突變的比例
若差異皆為天擇結果而非中性突變，則可能不規則
仍可能因長時間下天擇方向的反覆而大致規則
時間拉長具有高度不準確性
利用不同物種中的演化速率校正
同時使用多個分子時鐘確保準確度
系統分類學（systematics）