Nhược điểm:
• Phức tạp trong khâu xây dựng hệ thống, cần phải lắp đặt: bể cá, hệ thống điện dự phòng, hệ thống làm mát, sưởi ấm,…
• Chi phí đầu tư ban đầu cao
• Phải mất đến khoảng 1 năm thì mô hình mới hoạt động ổn định
• Nguồn nước, nguồn dinh dưỡng đều yêu cầu mức độ cao
• Dễ gặp sự cố hơn so với phương pháp thủy canh
