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UNA NUEVA VISTA DEL ÁRBOL DE LA VIDA - Coggle Diagram
UNA NUEVA VISTA DEL ÁRBOL DE LA VIDA
INTRODUCCIÓN
Método moleculares evitan la necesidad de observación directa basándose en los genes secuenciados como marcadores de linaje
Nuevos métodos bioinformáticos producen secuencias genómicas completas
Nuevos datos genómicos de más de 1000 organismos no cultivados y pocos conocidos
Gen tradicionalmente utilizado ARN ribosómico (ssu16 rRNA)
Utiliza 16 secuencias de proteínas ribosómicas
Evita artefactos
Tienden a ser sintéticas y coubicadas en una region pequeña genomica de bacterias y archaea
Árbol de mayor resolución
Reduce los errores de agrupacion
CARACTERISTICAS
Figura 1 (Árbol proteico ribosómico)
La ubicación de eukarya es controvertida. Teoría endosimbiótica. Ubicadas por las secuencias de un subconjunto de sus proteínas ribosomales codificadas en el núcleo
Ramas a nivel de filo, incluye 92 de bacterias, 26 Arqueas y 5 super grupos eucariotas. Eukarya se ramifica dentro de Arquea específicamente dentro del superfilo TACK 21 y hermano de Lokiarchaeota 22 . Curiosamente, esta ubicación no es evidente en el árbol de ARNr de SSU, que tiene la topología de tres dominios propuesta por Woese y colaboradores en 1990
Hay un 1 representante por genero (3.083). incluido de los 3 dominios con enfoque principal en Arquea y Bacteria
CPR (Candidata Phyla Radiation) Color violeta
Compuestos por organismos sin representantes aislados
Miembros tienen genomas relativamente pequeños y la mayoría tiene capacidades metabólicas restringidas
Todas las células carecen de ciclos completos de acido cítrico y cadenas respiratorias
La mayoría tiene una capacidad limitada o nula para sintetizar nucleótidos y aminoácidos
es en gran medida congruente con el árbol calculado utilizando la información de la secuencia del gen rRNA SSU tradicional
Figura 2
(Árbol genético SSU rRNA)
Principales linajes utilizando la distancia evolutiva
CARACTERISTICAS
El dominio Eukarya
Menor diversidad
filogenética
Para la construcción de las ramas se uso la formula de longitud promedio: Longitud media de la rama = media ([distancia de la raíz a la punta] - [distancia de la raíz al nodo]). Siendo <0.65 el valor utilizado para la longitud de las ramas.
Se utiliza la distancia evolutiva para la definición de los principales linajes
El dominio Bacteria.
Mayor número de
linajes principales
Evidente evolución
dentro de CPR
Aparición temprana
Rápida evolución de
estilos de vida simbiótica
Comprende la mayor parte
de la diversidad actual
El dominio Arquea
Menos prominentes
Menor diversidad
VENTAJAS
Resuelve con más fuerza las radiaciones más profundas
Proteínas ribosomales contiene sesgos de composición en los 3 dominios
Incluye organismos en secuencias de genes de ARNr de SSU incompletas o no disponibles
Presenta la diversidad a la que actualmente solo se puede acceder a través de enfoques resueltos por genoma independientes del cultivo.
El uso de proteínas ribosomales evita artefactos que surgirían de filogenias construidas a partir de genes con funciones no relacionadas y sujetas a diferentes procesos evolutivos. Otra ventaja importante de las proteínas ribosómicas elegidas es que tienden a ser sintéticas y coubicadas en una pequeña región genómica en Bacteria y Archaea, lo que reduce los errores de clasificación que podrían perturbar sustancialmente la geometría del árbol
MÉTODOS
Base de datos de la información del genoma eucariota
Base de datos pública de Joint Genome Institute’s IMG-M.
Se selecciono un único representante para cada genero definido. Para los phyla sin definición taxonómica completa se incluyeron a todos los representantes.
Bases de datos derivadas de metagenomas previamente publicadas
Genomas reconstruidos de proyectos de metagenoma
Alineación de proteínas ribosómicas concatenadas.
