Pada banyak penelitian bakteri gram negatif Escherichia coli dan Klebsiella pneumonia tetap menjadi mikroorganisme yang dominan sebagai penyebab ISK nosokomial, disusul oleh mikroorganisme lain, terutama spesies Enterecoccus, spesies Pseudomonas, spesies Staphylococcus, dan jamur, serta kebanyakan dihubungkan dengan penggunaan kateter urin.