Modifikasi / perubahan terhadap target molekul obat.Di satu sisi, ada banyak komponen di sel bakteri yang menjadi target obat. Namun, di sisi lain, ada banyak komponen sel tersebut yang dapat dimodifikasi oleh bakteri yang dapat menyebabkan terjadinya resistensi antibiotika. Mekanisme resistensi ini dapat dijumpai pada antibiotika golongan beta laktam (penisilin, ampisilin, cefazolin, dsb) yang terjadi karena adanya perubahan jumlah/struktur PBPs (Penicillin-Binding Proteins). Perubahan ini membuat PBPs menurun kemampuannya dalam berikatan dengan antibiotika beta laktam, sehingga tidak cukup jumlah antibiotika yang dibutuhkan untuk menghambat sintesis dinding sel bakteri
