Definidos os instrumentos, estima-se o primeiro estágio do modelo em 2 estágios. Esta etapa fornece informações de diagnóstico (estatística F parcial e o R2 parcial), devendo ser verificado se os instrumentos têm os sinais esperados, magnitudes que são razoáveis e coeficientes que são estatisticamente significativos em níveis convencionais.
Se o poder explicativo dos instrumentos for baixo (ou seja, os instrumentos são fracos), deve ser feita uma justificava demonstrando que os instrumentos são suficientemente exógenos. Se os resultados do primeiro estágio forem considerados adequados, os resultados do segundo estágio podem ser estimado.