Virus chikungunya tidak seperti alpha virus lainnya dimana tidak diketahui apakah bersifat neurovirulen atau neuroinvasif. Kasus langka berupa ensefalitis (demielinasi), mielitis, entrapment neuropathy, kejang, likuor serebrospinal yang abnormal, flaccid paralysis, sekuel neurologi, neuropati perifer berat, dan presentasi menyerupai guillain barre syndrome dilaporkan pada berbagai pusat pelayanan kesehatan di India.Saat epidemi pada Reunion Island didapatkan 4 anak yang mendapatkan serangan berat dari meningoensefalitis dimana terdapat 3 pasien dengan DIC dan 1 pasien dengan perdarahan intraserebral akibat trombositopenia berat.Arthralgia berat dan persisten dapat menyebabkan disabilitas jangka panjang dan ketidakmampuan untuk bekerja. Hal ini dapat menyebabkan penurunan produktivitas dan kesulitan ekonomi.