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CH19 - Coggle Diagram
CH19
分析基因表現
建構cDNA libraryary
只收錄exon
因為成熟的mRNA只有exon,而cDNA來自mRNA的反轉錄
mRNA+反轉錄酶
單股cDNA
再加入聚合酶
dsDNA
FISH
目的:辨識特定mRNA在生物體中的位置
使用螢光標定(P32)的probe和目標互補
P32和mRNA上的核酸用氫鍵互補
RT-PCR
使用mRNA做為原料的PCR
DNA microarray assay
研究基因彼此間的互動
mRNA自tissue中分離
mRNA片段化
反轉錄成cDNA
cDNA和microarray(已標定已知基因)混合
掃描microarray,螢光得知cDNA和誰互補
DNA生物技術
DNA sequencing
NGC
模板股(目標股)會先被放大
third-generation sequencing
目標股可以很長
打斷DNA變成片段
一個片段和一個bead分在一起並接上(以5'端接上)
加入primer和聚合酶
依次加入dNTP(A、T、C、G)再洗掉(重複此步驟)
當dNTP成功接上後,PPi會釋出並閃光
1 more item...
sanger sequencing
一般的dNTP、不同螢光標定的ddNTP和目標股一起進行PCR
當PCR時若遇到ddNTP複製就會終止
因此會產生多種帶有不同顏色的片段
跑膠分開它們再進行排序
PCR
三步驟
annealing
50-60 primer附著
extension
dNTP附著
denaturation
95度雙股打開
cloning
常用細菌做為cloning的表現系統
但真核基因無法被細菌表現基因或製造蛋白
解決方法有兩個
改用更強的prokaryotic promotor promotor
改用酵母菌做為表現系統(具plasmid且是真核生物)
但表現哺乳類蛋白依舊有困難
確認基因功能
可利用silence的方式確認基因功能
in vitro mutagenesis
體外誘導基因突變,破壞其功能
RNAi
用RNAi使基因不表現
CRISPER-Cas9
GWAS
找出疾病源頭
疾病allele的表現與否有時和non-reconding區的單一鹼基對(SNP)有關(SNP會和疾病基因連鎖)
SNP=single nucleotide polymorphism,即單一鹼基對多樣性
生物複製
動物
nuclear transplantation
移植細胞核形成一個新的完整個體
ex. 桃莉羊
桃莉的提早死亡或許是因為incomplete reprogramming
哺乳類在從受精卵發育的過程中會重新編輯自身DNA,但桃莉沒辦法(因為它是直接複製別人的老細胞)
有時複製體會長的不太一樣
因為巴爾氏體會shut down某些基因
複製體會有基因缺陷
因為epigenetic
原個體基因通常已epigenetic,但對複製體而言這些修飾太早就發生,造成某先基因在一開始就失去功能
所以複製前最好先reverse epigenetic
幹細胞
embryonic stem cell
全能幹細胞
能分化成各種組織
adult stem cell
只有血球和間質幹細胞
只能分化成血球和間質
iPS
透過retroviral vector在skin fibroblast cell 身上轉入調節幹細胞的基因
skin fibroblast cell變為iPS(幹細胞)
植物
單一細胞(totipotent cell,似幹細胞)即可產生一完整的生物體