Flora vagina dari sebagian besar wanita normal dan sehat mencakup berbagai bakteri yang berpotensi patogen. Di antaranya adalah spesies Prevotella, Leptotrichia, Atopobium, dan anaerob lainnya. Dibandingkan dengan spesies Lactobacillus yang dominan, non-patogen, penghasil hidrogen peroksida, organisme lain ini hadir dalam jumlah yang rendah, dan pasang surut di bawah pengaruh perubahan hormonal (misalnya, kehamilan, siklus menstruasi), metode kontrasepsi, aktivitas seksual, praktik kebersihan vagina, dan faktor lain yang belum diketahui.
Kanal endoserviks berfungsi sebagai penghalang yang melindungi saluran genital bagian atas yang biasanya steril dari organisme ekosistem vagina yang dinamis.