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Analyse métagénomique - Coggle Diagram
Analyse métagénomique
Intro bactériologie
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Rôles : fermentation, insuline( E.coli), hormone de croissance (contamination par prions)...
Culture bactérie : condition très différentes pour chq bactéries (T°C, oxygène, nutrition...) donc faible %
→ Solution : métagénomique où l'on ne cherche pas les bactéries mais les séquences → étude moléculaire des communautés microbiennes (ADN)
Métagénomique ou génomique environnementale = méthode d'étude du contenu génétique d'échantillons issus d'environnements complexes prélevés dans la nature et non cultivés en labo
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Métagénomique
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Le + utilisé : méta-ciblée un seul gène avec référence 16S (que chez procaryote) → amplif avec amorces de zones conservées de 16S et obs° zones variables propre à l'espèce → identification et quantification (ratio entre différentes bactéries)
Exemples
Eaux de draingage des mines de fer : la culture ne trouve rien alors que le shot gun identifie 5 bactéries diff → avec séq, possibilité de connaître métabolisme, capaccité de synthèse (...)
Env marin aux Bahamas : empreinte de la biodiversité à différents temps → génération de séq inconnues
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Nouvelles strat : reprendre bactéries du sol, océan, invertébrés...pour nouvelle source d'antibio