NGS II : Applications du séquençage à haut débit
Rappels
NGS : single read ou paired end
Indexing (code barre) → Multiplexage (tout mélanger ce qui diminue coût) → Démultiplexage → Alignement
Qualité - Ouverture
Qualité : donnée à la sortie de l'automate → score phred = min 30 si on veut 1/1000 erreur ou 40 si on veut 1/10 000 erreur ] sinon possibilité d'artefacts
Couverture : gène couvert lors de la lecture → toutes les bases sont lues
Profondeur de couverture : cb de fois les bases sont lues → 30x par base = génétique constitutionnelle et 200x = génétique somatique
DNA-seq : whole genome et exome (ensemble des exomes, 23 000 gènes dont 200 000 exons = 1-2% du génome) (3.4 milliards paires de nt chez H)
Applications : diagnostics cancer du sein et de l'ovaire
En général spontanée = sporadique et 5-10% surviennent à une prédisposition héréditaire
Caractéristiques des cancer héréditaires : âge au diagnostic + précoce, bilatéralité (sein droit et gauche), asso cancer sein/ovaire possible
Prédisposition : modèle de Knudson-Comings
BRCA 1 et 2 : mutation maj pour cancer de l'ovaire et du sein → augmente risques → séquence du gène quand historique familiale
Hétérogénéité
TP53, PTEN, CDH1, BRCA
ATM, CHEK 2 (risques x2)
Polymorphisme : anomalies cumulées
Reséquençage ciblé : Workflow
Bioinfo
Logiciiels commerciaux
Scripts et algorithmes publiques
Scripts automatiques des tâches
Ctrl qualité
Q score (>= 30)
On/off target : rapport entre nombre de reads alignés sur les régions d’intérêt capturées
et nombre total de reads alignés → bruit de fond (+ on veut être précis dans le ciblage + il y a d'artefact)
Annotation des variants : CNV
Applications au séquençage des tumeurs
Médecine personnalisée
Ex inhibiteurs PARP
Létalité synthétiques :
• Cellule normale perd gène a → gène b de secours → survie
• Cell cancéreuse perd gène a → gène b empêche survie → mort cellulaire
PARP : prot intervennant dans réparation des cassures de l'ADN sb (BER : Base excision repair) et db (recombinaison homologue)
Inhibition accumule cassure db
DNAseq : reséquençage ciblée des tumeurs → 1) Extraction ADN 2) Préparation librairie (70-300pb) avec adaptateurs pour reconnaître 3) Séquençage
Applications : épigénétique et métagénomique