El sistema de manejo del transporte (TMS) se enfoca en el transporte de llegada y de salida de una empresa y es parte integral del LIS, Igual que el WMS, comparte información con otros componentes del LIS, como contenido de los pedidos, peso y volumen del artículo, cantidad, fecha prometida de entrega y programación de envío del vendedor. Su propósito es ayudar en la planeación y control de la actividad de transporte de la empresa.