El diagnostico hace referencia al informe que se realiza, una vez se culmina el trabajo, donde se concluye el conocimiento adquirido durante la práctica de técnicas y procedimientos de auditoria. Este informe, es la parte más importante del trabajo, debido a que al ser una auditoria operacional, pretende identificar los aspectos de mejora en los controles de la entidad, así como las causas, efectos e impacto en la eficiencia y productividad. Finalmente, debe realizarse con carácter “persuasivo”, lo que quiere decir, que se debe tener en cuenta los lectores, y debe ser claro, original y oportuno.