Vincendo contro i turchi, Filippo Secondo ha dovuto affrontare la ribellione dei Paesi Bassi. I Paesi Bassi sorgevano molte città importanti mercantili: Anversa, Amsterdam, Gand , Bruges , Leida. Filippo Secondo non sopportava l’idea che nelle sue terre fosse praticata la religione protestante, quindi mise in atto una dura repressione contro i calvinisti. Contemporaneamente si proponeva di rafforzare il dominio spagnolo e aumentando le tasse privando i Paesi Bassi della loro autonomia la politica del re spagnolo determinò nel 1566 la ribellione dei cittadini che attaccarono le chiese e monasteri cattolici allora Filippo inviò l’esercito guidato dallo spietato duca d’Alba.
Nel 1581 i ribelli crearono la nuovo Stato e così nacque la Repubblica delle province province unite.i Paesi Bassi si divisero in due: Belgio cattolico e Olanda protestante. I ribelli olandesi erano guidati dal principe Guglielmo d’Orange e erano anche aiutati dall’Inghilterra. La guerra durò fino al 1609 quando il nuovo re di Spagna Filippo III firmò una tregua con lo Stato olandese. Durante il suo regno Filippo Secondo speso enormi somme di denaro per rafforzare l’esercito e così la Spagna fu costretta dichiarare più volte bancarotta.
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