La activación/inhibición encefálica también está regulada por diferentes neurotransmisores, como la dopamina, la serotonina y la noradrenalina, que modulan la actividad neuronal y la respuesta emocional del cuerpo. La dopamina, por ejemplo, está involucrada en la regulación de la motivación y la recompensa, mientras que la serotonina y la noradrenalina están implicadas en la regulación del estado de ánimo y la respuesta al estrés.