Mise en culture à la recherche de germes pathogènes (parfois décevant et nécessite 2 à 3 j). Cette étape est maintenant remplacée par des test PCR. Recherche d'E Choli entero-hémorragiques, entéro-invasifs ou entéro-toxigènes (EHEC, EIEC, ETEC). Recherche de salmonella (typhoïde), de shigella, de vibrio (choléra), de campylobacter, de yersinia enterocolitica, de pleisiomonas shigelloïdes, de clostridium difficile