O Segundo Período, momento da implantação das Escolas de Primeiras Letras e o Projeto Civilizador, vai de meados do século XVIII até meados do século XX, Fase Pombalina caracterizou-se pela instituição da lei que ficou conhecida como Diretório dos Índios e a fase do Império, na 1ª República e Ditadura Vargas A ideia de integrar o índio perpassou o período colonial e, no período do Império, a principal medida vem em 1845, com o Decreto nº 426, que contém o Regulamento acerca das Missões de Catequese e Civilização dos Índios
Terceiro período – O ensino Bilíngue de Transição, dos anos 1970 até o século 21; fase da Funai, o SIL e ensino bilíngue de transição, com a ditadura militar a Funai assume uma posição integracionista e de apoio ao capital estrangeiro no país e admitiu a presença, nas áreas indígenas; segunda fase, O Indigenismo Alternativo, o Movimento Indígena e as Escolas Indígenas, caracterizou-se pela formação de projetos alternativos de educação escolar indígena, ocasionados pelo nascimento do movimento indígena e pela participação de entidades de apoio à causa indígena