Para os Celíacos, ao ingerirem o glúten a doença afetará primeiramente o intestino delgado, diminuindo as vilosidades e causando um processo inflamatório, com isso, haverá uma diminuição na área de absorção dos nutrientes, vitaminas, sais minerais e água, pois estas vilosidades seriam responsáveis por aumentar a superfície de absorção destes e por sediar células com funções especializadas em suas digestão. Deste modo, sua perda poderá ocasionar diarreia, fraqueza, perda de peso e anemia.
Este acionamento do sistema imunológico de maneira desordenada favorecerá o desenvolvimento de outros problemas relacionados sistêmicos e autoimunes, como Tireoidite de Hashimoto, Hepatite Autoimune, artrite reumatoide, além de carências nutricionais múltiplas, anemia e osteoporos.