PCOS adalah penyakit dengan banyak komplikasi jangka panjang yang serius. Pasien membutuhkan follow-up reguler untuk deteksi dini dan tatalaksana sekuele yang tidak diinginkan. Pasien PCOS memiliki risiko untuk mengalami penyakit kardiovaskuler, DM tipe 2, penyakit serebrovaskuler, sindrom metabolik, infertilitas, dan kanker endometrium. Pasien PCOS yang hamil memiliki risiko diabetes gestasional, preeklampsia, dan melahirkan preterm atau post-term yang meningkat. Sementara itu, bayi dari pasien PCOS memiliki risiko yang lebih tinggi untuk lahir besar dari usia kehamilan, tetapi tidak meningkatkan risiko IUFD (intra uterine fetal death) atau bayi lahir mati.