В вопросах познания, которые в его работах занимают одно из главных мест, Герцен исходит не только с позиций материализма, но и диалектики. Он стремится преодолеть крайности как эмпиризма, так и рационализма, правда ошибочно отождествляя эмпиризм с материализмом, а идеализм - с рационализмом. Рассматривая эту проблему, Герцен указывает, что эмпиризм, опираясь на чувственный опыт, хотя и правильно описывает факты, но бессилен раскрыть единство в многообразии, постигнуть сущность
и внутреннюю закономерность природы. Рационалисты же, по его мнению, беспрерывно ругали эмпириков, и не подвинули вопроса ни на один шаг вперед, впадая в пустые бессодержательные абстракции. Всякое истинное знание, отмечает Герцен, есть результат диалектического единства чувственного и логического. Источником знания является опыт, а данные опыта человек подвергает рациональному обобщению.