Quando o jejum é prolongado, ocorre uma proteólise, e liberação do aminoácido alanina que funciona como importante substrato da gliconeogênese. No início, a proteólise muscular é intensa, cerca de 75 g/dia, e após 3 ou 4 dias de jejum, passa a ocorrer em menor escala, cerca de 20 g/dia.
Após um período de jejum, o SNC vai substituindo o uso de glicose pelo de corpos cetônicos o que permite uma menor velocidade da proteólise muscular.