Torrijos murió en un accidente aéreo, cuando la aeronave DeHavilland Twin Otter (DHC-6) de la Fuerza Aérea Panameña, se estrelló el viernes 31 de julio de 1981. La aeronave desapareció de las pantallas del radar por las condiciones climáticas extremas, pero debido a la limitada cobertura del radar panameño, la pérdida de la aeronave no se informó durante cerca de 24 horas después. El sitio de impacto fue localizado varios días después, y el cuerpo de Torrijos fue recuperado por un comando de fuerzas especiales en los primeros días de agosto. Fue sepultado en el cementerio Amador, en un funeral de Estado; sus restos mortales fueron luego trasladados a un mausoleo, en la entrada de la antigua Zona del Canal.
