La ARN pol II se lo puede localizar dentro del nucleoplasma, al igual que ARN pol I. Existen tres subunidades comunes para las tres ARN pol: en primer lugar, una subunidad grande, el dominio terminal carboxilo (carboxy terminal domain, CTD), que puede ser altamente fosforilada en los residuos de serina y treonina, y es muy importante en el inicio de la transcripción, en el corte y empalme, en la modificación de los extremos del ARN y en la terminación.